Medžiaga: Kaip rodo pavadinimas, stiklinis šiltnamis pagamintas iš stiklo plokščių, o plėvelinis šiltnamis iš plastikinės plėvelės.
Izoliacija: Stikliniai šiltnamiai yra labiau izoliuoti nei plėveliniai šiltnamiai. Stiklo plokštės yra storesnės ir geriau izoliuoja nuo šalčio, vėjo ir lietaus. Plėveliniuose šiltnamiuose naudojama plastikinė plėvelė yra plonesnė ir mažiau izoliuojanti, todėl šaltu oru gali prireikti daugiau šildymo.
Kaina: Plėveliniai šiltnamiai yra pigesni nei stikliniai šiltnamiai. Stiklas yra brangesnis nei plastikinė plėvelė, o stiklo plokščių montavimas reikalauja daugiau darbo jėgos, todėl stikliniai šiltnamiai paprastai yra brangesni.
Šviesos pralaidumas: stiklas leidžia į šiltnamį patekti daugiau šviesos nei plastikinė plėvelė. Tai gali būti privalumas vietose, kur mažai saulės šviesos, arba žiemą, kai saulės šviesa yra ribota.
Patvarumas: Stikliniai šiltnamiai yra patvaresni nei plėveliniai šiltnamiai. Stiklo plokštes mažiau pažeidžia kruša, stiprus vėjas ar kiti aplinkos veiksniai. Plastikinė plėvelė gali būti įplyšusi arba pradurta, todėl gali būti pažeista šiltnamio konstrukcija ar augalai.
Priežiūra: Stikliniams šiltnamiams reikia daugiau priežiūros nei plėveliniams šiltnamiams. Stiklo plokštes reikia reguliariai valyti, kad būtų užtikrintas maksimalus šviesos pralaidumas, be to, laikui bėgant jos gali drumsti ir sumažinti jų efektyvumą. Plastikinę plėvelę lengviau valyti ir prižiūrėti.